油墨及其清洗用的廢水必須有指定可允許的污染物質的排放的許可。這個許可稱為國家污染物排放系統（NPDES），有時是州立的污水排放系統（SPDES）。這些許可對污水允許排放的程度有非常嚴格的限制，并要監測排放的污水，定期水的受體，保持和報告所做的記錄。設計曝化的系統只能處理衛生廢水。工業廢水不能排放到曝化池或曝化系統中。將工業廢水排放到曝化系統中可導致地下水污染，還需要高成本的清潔。排放到公共的污水處理廠（簡稱POTW）是印刷廠最通用的廢水處理方案。一些污水處理場需要所有企業排放處理過的廢水，以達到當地的排放許可，有的地方要有根據當地法規讓污水處理廠接受印刷廢水的協議。

 很多印刷廠選擇只處理它們的廢水處理，而將廢墨處理作為廢物管理的另一部分時，也有一些廠子選擇直接將廢墨直接加入廢水中。這一般會增加水中懸浮物的數量，需要更有效的、更昂貴的方法來處理在化學處理中產生的污泥。最后，會有更多的廢水需要進行處理。已經提供了簡單地過濾方式作為處理廢水、除去固體物和一些顏色的方法，但是大多數廢水是柔版印刷和清洗時由油墨、水和清洗液產生的乳化液。要有效地處理這種廢水要先通過化學分離打破乳化液，然后用物理方式過濾所產生的物質。

有不少化學藥品可用來打破這種乳化液，然后進行下列處理：·中性化——調整PH值，使其回到中性的范圍。 

·吸收——從水中吸收所選擇的化學藥品和懸浮的固體。 

·凝結——在凝聚中不斷積累。 

·掩埋——無毒害的工業垃圾掩埋法最適于處理化學物質的固態物。 

·物理的過濾——使用帶式過濾器或過濾器壓縮機。 

通過培訓印刷機操作人員做到以下各點可減少清洗過程中所用水的數量。 

·盡可能將油墨回收到容器里。 

·徹底擦凈印刷機部件后再用水清洗。

·（在油墨干燥之前）迅速清洗輸墨裝置可增加清洗效率。 

·使用低流量的噴嘴。 

·使用限制水流量的設備。 

印刷機的清洗可改成下面的三步清洗工藝，目的是使用廢水。 

·第一步：大部分油墨用臟水除去。 

·第二步：第一步驟所剩下的油墨用較不臟的水清洗。 

·第三步：剩下的油墨用清水沖洗。 

發現經過過濾的廢水如果污染程度不高的，必要時可用來稀釋油墨。